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- (1)ノーマライゼーション、全遺伝子発現データの取得
遺伝子発現結果のノーマライゼーションを行います。
- Per Chip Normalizationではチップ(サンプル)ごとの発現量をノーマライズし、実験誤差による変動を取り除き、生物学的な変動を抽出します。
- Per Gene Normalizationでは遺伝子ごとにノーマライズを行い、変化をよみやすくします。
- (2)有意に差がある遺伝子を抽出
発現している遺伝子を抽出します。そこで、全サンプルでバックグラウンドに対して有意に差がない(発現していない)遺伝子を取り除き、有意に発現している遺伝子に絞ります。- (3)オプション例
- (2)で得られた遺伝子リストを用い、更に詳しく解析
- ANOVAにて統計解析
- 選択した遺伝子に類似の発現傾向を持つ遺伝子の抽出
他の遺伝子に類似した傾向を持つ遺伝子の検索 - その他
- (4)解析結果
遺伝子リストはテキストファイル形式です。遺伝子リストには遺伝子名と発現量データの他にアノテーション情報も含まれます。
クラスタリング結果は画像で出力されます。発現の大きいサンプルは赤、中程度は黄、小さいサンプルは緑で描画されます。
